現在回想起來，會走上學術研究的道路，其實是為了替自己所經歷的種種困惑尋求解答。
從小，我就是黨國教育的成功例證。曾經因為說得一口標準的國語被認為是外省人，而沾沾自喜；台美斷交時，將當局印發的「只要有我在，中國一定強」標語貼在案頭，晨昏惕勵；美麗島事件發生，複誦著媒體的報導，嚴厲聲討黃信介、施明德等「居心叵測的陰謀份子」。
但是，學校教育與家庭教育嚴重衝突著，每每在晚飯時與父親激烈爭辯，弄得全家人食不下嚥；父親幾次脫口提到我從未聽過的二二八，都被母親急急制止；看著女兒充滿政治熱情，母親憂心之餘總是交代「有耳無嘴」、「人多的地方不要去」。
直到1980年2月28日，林義雄家滅門血案發生，讀著報紙的報導，像是遭到五雷轟頂般地震動，我彷彿看到過去所相信的世界與真實世界在眼前迸裂出一條縫隙。這年，正當高三下學期，聯考的壓力摻雜著思想的混亂，我常常在週六下午，揹著書包站立在西門町的天橋上，看著川流不息的人潮，心中卻感到異常的孤獨。
大學進了政治系，青春的喧鬧中抹不去南北差異，還有詭異的職業學生打小報告的猜疑。台中貧農出身的學友用老舊的摩托車載我奔馳於黨外政見會場，在凜冽的氣氛中，感受民主運動人士壓抑的熱情與卑微的訴求；又受邀進大學論壇社，在與社團朋友們的活動中，默默聆聽異於我成長經驗的南方觀點。
直到進了政治所，才真正開始接觸台灣史。碩二選修曹永和師首次在台大歷史所開授的課程，課後他還帶領我們研讀台灣總督府《警察沿革誌》、王育德的《台灣》等日文書籍，驚訝於台灣也有歷史。初次感受到自己與腳下這塊土地的歷史連帶感，則是經由李喬的小說《寒夜三部曲》的引領，燈下夜讀，當總督府檔案中的大湖事件竟在小說中重現，進入歷史情境的年輕心靈不禁震顫而涕淚縱橫。
此後，我努力透過學術研究為自己解惑。例如，碩士論文以日治時期台灣文化協會為主題；博士論文探討二二八事件；多次與情治機關錯身而過的經驗引發我做了一點戒嚴時期情治機關的研究；而初中就讀延平中學時的種種記憶與疑惑，催促我做了延平學院的歷史追索工作。
近年來的研究焦點集中在日治中期至戰後初期台灣人的認同議題上，這是我的碩論與博論尚未回答的問題。自2001年暑期於中央研究院台灣史研究所籌備處擔任訪問學人以來，得以將所思所惑就教於諸多台灣史研究先進。同年起，並參與許雪姬教授主持的林獻堂日記解讀班，除了優游於每週一下午的時光，享受知識與學習的單純樂趣之外，與解讀班同儕所進行的種種討論，也對本書各個主題的形成與釐清有莫大幫助。2005年夏，我從淡江大學公共行政系轉任於政治大學台灣史研究所，與台灣史學術社群更有機會密切互動之餘，也藉著各種學術研討會發表論文初稿，尋求先輩們的賜教。本書可以說是上述學術活動的具體成果。
本書得以完成，要感謝林獻堂日記解讀班的諸師友：除許雪姬師外，還有楊麗祝、鍾淑敏、林蘭芳、高雅俐、連憲升、張季琳、何鳳嬌、曾士榮、鄭麗榕、李毓嵐、劉世溫、林丁國、陳世榮、黃子寧等人，在每週一次的討論中總能令我有意外的收穫。尤其要感謝曾士榮，他慷慨出借了吳新榮日記、葉盛吉日記影本，使得書中部分章節得以順利完成。
其次，論文發表過程中，包括黃富三教授、許雪姬教授、陳芳明教授、柯志明教授、李筱峰教授、下村作次郎教授、張修慎教授、吳叡人教授等人都給予許多寶貴意見。同時，我所任教的政治大學台灣史研究所薛化元所長與諸同仁的寬厚配合；好友張隆志的精神鼓勵，都令我銘感在心。此外，十分感謝行政院國家科學委員會提供了多年的研究計畫補助。
本書得以出版，特別要感謝曹永和文教基金會與遠流出版公司的協助。尤其是遠流公司的翁淑靜、石家瑜、高巧怡三位細心排版校對、編按索引；副總編輯周惠玲小姐安排出版事宜，辛苦備至。宋文彬先生、張良澤先生、張德南先生、葉光毅先生、鍾鐵民先生、中央研究院台灣史研究所古文書室與遠流資料庫，慨借照片與圖片，使本書增色許多。在此一併致謝。
在我的學術研究路途上，還有三位男士必須一提。我的父親陳阿生，他質樸的正義感與是非觀，總能適時提醒所謂知識份子的虛矯與偏執；我的博士論文指導教授許介鱗博士，早年經常耳提面命不要追趕學術流行、拾人牙慧，應該發展「弱者的理論」，至今我仍謹記在心；我的夫婿陳順良，放棄他的「革命事業」配合我的學業與工作，從小「放牛吃草」的兩個孩子，也多虧他招呼安頓。如果我在學術研究上能有一點小小的成果，最是要感謝他們。